Okres 2013-2020 r.

Trzeci okres przyniósł gruntowną reformę systemu EU ETS i znacząco zmienił jego architekturę. Zamiast krajowych limitów emisji wprowadzono jeden wspólny, ogólnounijny limit emisji (tzw. cap). Aukcje stały się podstawową metodą przydziału uprawnień, a zasady bezpłatnych przydziałów uprawnień do emisji zostały ujednolicone na poziomie UE. System rozszerzono na kolejne sektory i gazy cieplarniane, zwiększając jego zakres oddziaływania. Utworzono także rezerwę 300 mln uprawnień dla nowych instalacji (ang. New Entrants Reserve), przeznaczoną na finansowanie innowacyjnych technologii odnawialnych oraz projektów wychwytywania i składowania CO₂ w ramach programu NER 300. Reforma miała na celu wzmocnienie efektywności ekonomicznej systemu oraz jego roli jako kluczowego narzędzia polityki klimatycznej UE. Od 2019 r. zaczęła funkcjonować Rezerwa Stabilności Rynkowej (tzw. rezerwa MSR) mająca na celu równoważenie podaży i popytu oraz „zwiększenie odporności rynku na przyszłe wstrząsy gospodarcze”. Rezerwa MSR automatycznie dostosowuje coroczną liczbę uprawnień przeznaczonych na aukcje w oparciu o określone progi MSR i całkowitą liczbę uprawnień w obiegu (tzw. TNAC-Total Number of Allowances in Circulation, inaczej: „nadwyżka uprawnień”).