Okres 2008-2012 r.

Drugi okres funkcjonowania systemu zbiegł się z pierwszym okresem zobowiązań wynikających z Protokołu z Kioto, kiedy państwa w nim uczestniczące miały już określone konkretne cele redukcyjne. Wprowadzono niższy limit emisji (ok. 6,5% poniżej poziomu z 2005 r.), a do systemu EU ETS dołączyły Islandia, Liechtenstein i Norwegia. W części państw objęto systemem emisje podtlenku azotu z produkcji kwasu azotowego, a udział bezpłatnych przydziałów uprawnień do emisji wynosił ok. 90% całkowitego limitu, przy jednoczesnym stosowaniu aukcyjnej sprzedaży w kilku państwach czł. (m.in. w Niemczech i Wielkiej Brytanii). Kara za nierozliczenie emisji przez podmioty objęte systemem wzrosła do 100 EUR za tonę, a operatorzy z EU ETS mogli korzystać z międzynarodowych jednostek offsetowych (pochodzących z projektów CDM^[1]/JI^[2]) w określonej skali. Utworzono Unijny Rejestr Uprawnień oraz Dziennik Transakcji Unii Europejskiej (EUTL), zastępując wcześniejsze krajowe systemy. Mimo bardziej rygorystycznych zasad, kryzys gospodarczy z 2008 r. doprowadził do znaczącego spadku emisji, co spowodowało nadwyżkę uprawnień w systemie i spadek cen uprawnień do emisji. Od 2012 r. system zostały objęte również emisje z sektora lotnictwa, przy czym już w pierwszym roku zawieszono stosowanie regulacji wobec lotów pozaeuropejskich.