Okres przejściowy 2005-2007 r.

Pierwszy okres działania systemu EU ETS był 3-letnim okresem pilotażowym opartym na zasadzie „learning by doing”, mającym przygotować system do skutecznego funkcjonowania w kolejnych latach i realizacji celów z Protokołu z Kioto. W tym okresie system obejmował wyłącznie emisje CO₂ z sektora energetycznego oraz przemysłów energochłonnych. Niemal wszystkie uprawnienia do emisji przydzielano przedsiębiorstwom bezpłatnie, a kara za brak rozliczenia emisji wynosiła 40 EUR za tonę. W tym okresie doprowadzono do ustanowienia ceny uprawnień za emisję, umożliwiono swobodny handel uprawnieniami w całej UE oraz stworzono infrastrukturę niezbędną do monitorowania, raportowania i weryfikacji emisji (MRV). Ze względu na brak wiarygodnych danych historycznych limity emisji ustalano na podstawie szacunków, co doprowadziło do nadpodaży uprawnień w systemie EU ETS. W rezultacie w 2007 r. cena uprawnień do emisji spadła prawie do zera, a niewykorzystane jednostki nie mogły być bankowane, czyli zostać przeniesione i wykorzystane do rozliczenia w kolejnym okresie systemu EU ETS.