W trzecim okresie rozliczeniowym przypadającym na lata 2013-2020, rozszerzono zakres systemu o nowe działalności i gazy (m.in. produkcja kwasu azotowego i emisja podtlenku azotu, produkcja pierwotnego aluminium i emisja perfluorowęglowodorów). Wprowadzono jeden ogólnoeuropejski limit emisji zamiast limitów krajowych stosowanych w poprzednich okresach. Limit ten corocznie ulega zmniejszeniu o 1,74% liczby uprawnień wydanych średniorocznie przez państwa członkowskie w latach 2008–2012. Bardzo ważną zmianą jest wprowadzenie, jako głównej zasady sprzedaży uprawnień do emisji na aukcji przez państwa członkowskie oraz stopniowe odchodzenie od bezpłatnego przydziału dla instalacji (w latach 2005-2012 prawie wszystkie uprawnienia przyznawane były bezpłatnie w krajowych planach rozdziału uprawnień).
Zasady przydziału bezpłatnych uprawnień są takie same dla wszystkich instalacji uczestniczących w EU ETS. Nie przydziela się żadnych bezpłatnych uprawnień w odniesieniu do jakiejkolwiek formy wytwarzania energii elektrycznej, z wyjątkiem przypadków objętych tzw. derogacjami. Dla pozostałych instalacji, przydział bezpłatnych uprawnień jest ustalany w oparciu o benchmarki (wskaźniki emisyjności), określone na podstawie średnich parametrów 10% najbardziej efektywnych pod względem emisji instalacji w danym sektorze objętym unijnym systemem.

© KOBiZE - Krajowy Ośrodek Bilansowania i Zarządzania Emisjami. Wszelkie prawa zastrzeżone.